結論
WSUSサーバのディスク容量が逼迫してきたので、HDDを増設しContentを移動したが、 （この環境では）movecontentしないでアンインストール& 再インストール時にWsusContentのpathを変更した方がよかった。
経緯
HDD増設後NTFSフォーマットして、新ドライブ下フォルダにWsusContentを移動
> cd "C:\Program Files\Update Services\Tools"
> wsusutil.exe movecontent F:\WSUS F:\move.log
wsustil.exeが完了、コマンドプロンプトに戻ってきた。 上記move.logの内容は下記のとおりで正常に終わったぽい。
2015-05-08T11:58:50 Successfully stopped WsusService.
2015-05-08T11:58:50 Beginning content file location change to F:\WSUS
2015-05-08T13:11:16 Successfully copied content files.
2015-05-08T13:11:16 Successfully copied application files.
2015-05-08T13:11:30 Successfully changed WUS configuration.
2015-05-08T13:11:31 Successfully changed IIS virtual directory path.
2015-05-08T13:11:31 Successfully removed existing local content network shares.
2015-05-08T13:11:31 Successfully created local content network shares.
2015-05-08T13:11:31 Successfully changed registry value for content store directory.
2015-05-08T13:11:31 Successfully changed content file location.
2015-05-08T13:11:33 Successfully started WsusService.
2015-05-08T13:11:33 Content integrity check and repair...
2015-05-08T13:11:37 Initiated content integrity check and repair.
で、WSUS管理コンソールを開いたら応答がなく、 タスクマネージャーで確認したら、sqlserver（Windows Internal Databaseを使用）が CPUを食い尽くしていた。（4コア機なので実際は25%）
WSUSのログ"C:\Program Files\Update Services\LogFiles\SoftwareDistribution.log"を確認すると、SQLserverへの接続がタイムアウトしたというエラーが出ている。
上記move.logの最後にあるように、wsusutil.exeの実行は終了しても
その後wsusservice実行の中で整合性チェック&repairが呼出されるらしい。
この処理に要する時間は、更新の数に依存するらしいが目安は不明。 以下のURLによれば「in some cases several days」もあり得るという。
開発の都合で、多数の製品を同期しており更新の数は多かった。 （管理コンソールが開かなくなったので確認できていない。 WsusContent下のファイル数でいえば3万ぐらいだったと思う）
結局、1週間たってもCPU貼りつき状態のままだったのでアンインストール&再インストールした。 ネットワーク環境の問題もあるので一般化できないが、メタデータ同期＋コンテンツDLしなおしで3日必要だった。
環境
- Windows Server 2008 R2 SP1
- Windows Internal Database
- WSUS 3.0 SP2